太原共有3家较为知名的传染病医院，分别是太原市第三人民医院、山西省中西医结合医院、古交矿区总医院，其中太原市第三人民医院规模最大且实力强劲。
太原市第三人民医院是一家三甲公立综合医院，它始建于1950年，在2009年和2010年相继增挂“山西省公共卫生临床中心”“山西医科大学附属传染病医院”称号，是山西省目前规模最大的集医疗、教学、科研、预防、康复于一体的三级甲等传染病专科医院。它承担着省城乃至全省传染病的临床诊治及突发公共卫生事件医疗救治等任务，主要收治病毒性肝炎、脂肪性肝病、酒精性肝病等各类肝炎、肝硬化、重型肝炎以及麻疹、水痘等多种传染性疾病，在病毒性肝炎、肝硬化、重型肝炎及流行性出血热等疾病的医疗救治以及乙肝病毒携带孕产妇母婴的垂直阻断等方面达到国内同类医院先进水平，在省内极具权威性。且近年来发展成果显著，2025年2月正式成为国家感染性疾病临床医学研究中心网络核心单位，3月国家传染病医学中心临床研究基地又落户于此。该医院位于新建南路与双塔西街交汇口，现有职工800余名，卫技人员600余名，编制床位850张，实际开放床位682张，设有多个肝病相关科室及其他传染病科室、辅助科室等，技术力量雄厚，诊疗设备先进，拥有美国贝克曼UnicelDXC800等先进设备。
山西省中西医结合医院是一所三甲公立中西医结合医院，成立于1939年，是山西省目前惟一一所集医疗、教学、科研、预防保健、社区服务为一体的三甲中西医结合医院，为山西中医学院附属医院，由山西省卫生计生委直管，是首批国家级爱婴医院、国家中医药管理局中西医结合重点建设单位，山西省、太原市职工基本医疗保险定点医院等，能为患者提供中西医结合特色的医疗服务。
古交矿区总医院是一所二甲公立综合医院，是西山煤电（集团）有限责任公司下属医院，集医疗、预防、康复、急救、教学、科研为一体，面向社会开放，下设多个分院，总院开放床位360张，分院开放床位410张，有职工1013人，其中专业技术人员中总院有高级职称91人等，可满足当地居民的基本医疗需求，诊治常见传染病及开展相关医疗服务。
