​​医疗机构医保费用结算制度的核心流程包括定点机构按月申报、医保部门审核拨付、数据上传及实时结算三个关键环节，其中​​ ​​申报材料需提前准备、结算审核严格遵循总额控制与DRG支付原则，并要求医疗机构配合备案管理​​ 。

医疗机构需在每月规定日期前提交完整申报表单，包括职工、居民及异地就医分类数据，并确保纸质与电子版同步上传至医保信息系统。​​申报材料原件需包含申报汇总表、异地费用明细及财务月报表​​ ，若申报材料缺失或错误将触发退改流程延长结算周期。

医保部门在收到申报后启动双轨审核机制，业务科室验证诊疗行为合规性，财务部门核对资金匹配度，​​重点核查乙类药品15%自付规则、乙类诊疗项目分段付费比例及特殊材料适配范围​​ ，不符条件费用将直接扣除，且医疗机构需自行承担扣减差额。针对复杂案例，系统嵌入DRG分组算法核算病种付费基准，通过总额预算制分批次拨付医保基金。

全程需强化信息透明化管理，定点机构应设立财务专岗维护进销存台账，按季度盘点药品耗材库存，同时完成电子化数据即时上传，确保诊疗明细与财务数据闭环衔接，为突发网络故障时人工垫付提供追溯依据。最终审核通过后，费用将在30个工作日内完成支付，且结算记录实时反馈至医院财务系统完成收款确认。