四川凉山社保基数为12700元时，个人所得税的扣税情况如下：

1. 1.社保缴费计算：养老保险：个人缴费比例为8%，即12700元×8%=1016元。医疗保险：个人缴费比例为2%，即12700元×2%=254元。失业保险：个人缴费比例为0.4%，即12700元×0.4%=50.8元。住房公积金：假设缴费比例为12%，即12700元×12%=1524元。总计社保缴费：1016元+254元+50.8元+1524元=2844.8元。
2. 2.应纳税所得额计算：应纳税所得额=社保基数-社保缴费-免征额（5000元）。即12700元-2844.8元-5000元=4855.2元。
3. 3.个人所得税计算：根据中国现行的个人所得税税率表，4855.2元属于第一档税率区间（不超过3000元的部分，税率为3%）。个人所得税=4855.2元×3%=145.66元。
4. 4.综合扣税情况：总扣税金额=社保缴费+个人所得税。即2844.8元+145.66元=2990.46元。社保基数为12700元时，个人需要缴纳的总税额为2990.46元。

四川凉山社保基数为12700元时，个人需要缴纳的总税额为2990.46元，其中社保缴费为2844.8元，个人所得税为145.66元。通过以上计算，可以清晰地了解在特定社保基数下的扣税情况，帮助个人更好地进行财务规划。