医保个人账户资金划入时间因地区政策不同有所差异，通常在职职工缴费到账次月、退休人员在享受待遇当月起划入，部分地区有固定的划入日期。
在职职工个人账户资金划入一般在参保缴费到账后的次月进行，例如广州市医保中心会在参保缴费到账次月内，于每月20日前从社会医疗保险基金划入个人账户资金，并交接医保服务银行处理，具体到账时间以银行为准；北京市自2022年9月1日起，每月5日前，医保经办机构根据医保费征收情况，完成在职职工个人账户资金的划入工作；上海市在医保年度期初计入，如2023医保年度（2023年7月1日至2024年6月30日）参保人员的个人账户资金，于2023年7月1日计入。
退休人员个人账户资金划入，不同地区规定不同，有的地区是享受待遇当月起划入，比如广州市达到法定退休年龄且参加职工社会医疗保险累计达到规定年限的，经社会保险经办机构核准后，从符合享受退休医疗保险待遇的当月起按退休人员的标准划入个人账户资金；部分地区实行定额划入，每月固定金额划入个人账户。
新参加工作的职工，若在医保年度起始前已参加医疗保险，其个人账户计入一年的资金；在医保年度中参加的，其个人账户按实际参加之月至所在医保年度末的实际月数，计算并计入资金。
参保人员跨省转移职工医保关系，若因特殊情况无法转移个人账户资金的、跨省异地安置退休人员经本人申请、参保人员在参保期间应征入伍且经本人申请、参保人员死亡后其个人账户资金可划入本人银行账户、参保人员出境（包括港、澳、台地区）定居且经本人申请等情形，可申请将个人账户资金划入本人银行账户。部分地区要求提供社会保障卡或医保电子凭证或有效身份证件、相关申请表以及可能涉及的继承人身份信息、银行账户复印件等材料，办理时限通常为即时办结，但不同地区具体要求有别，如佛山市要求提供参保人有效身份证件和省外户口簿原件（港澳台籍及外国定居退休人员只需提供有效身份证明）等。医保个人账户停止计入资金后，在职职工重新缴费（包括补缴费）、退休人员领取或者恢复领取养老金的，其个人账户应当在次月起恢复计入资金。
