灵活就业医保和单位医保的核心区别在于缴费主体、险种覆盖、缴费比例及待遇享受：前者由个人全额承担且仅含养老和医疗，后者由单位与个人共担且覆盖五险，但住院报销待遇基本一致。

1. 缴费主体与险种差异
   灵活就业医保需个人全额缴纳费用，仅包含养老保险和医疗保险，不涉及失业、工伤和生育险；单位医保由单位和个人共同缴费，覆盖五险（养老、医疗、失业、工伤、生育），单位承担大部分费用。

2. 缴费基数与比例
   灵活就业医保缴费基数通常为当地平均工资，养老保险按20%缴纳（8%入个人账户），医保比例因年龄而异（3.4%-4.4%）；单位医保中，个人仅需缴纳工资的8%进养老账户、2%进医保账户，单位则按16%和8.5%（含生育）分别缴纳养老和医保费用。

3. 医保待遇区别
   灵活就业医保低档缴费无个人账户返现，但住院报销比例与职工医保相同；单位医保个人缴费部分全额进入账户，退休后均享受终身医保待遇，且划入金额固定（如89.07元/月）。

4. 退休后衔接
   两者在缴满年限后均可合并累计，退休时灵活就业者若满足缴费年限，个人账户划入标准与单位退休职工一致，保障公平性。

灵活就业医保更适合自主职业者，虽缴费压力较大，但核心医疗待遇不受影响；单位医保则提供更全面的保障，适合稳定就业人群。参保时需根据自身职业状态和需求合理选择。