海南琼中社保基数为16000元时，个人所得税扣除情况如下：

一、基础计算（无专项附加扣除）

1. 应纳税所得额 ：16000元（社保基数） - 3500元（起征点）= 12500元

2. 适用税率 ：25%

3. 速算扣除数 ：1005元

4. 应纳税额 ：12500元 × 25% - 1005元 = 2120元

（计算公式：应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）

二、社保扣除影响

若社保（三险一金）全额由单位代扣，实际到手工资为：

16000元 - 16000元 × 20%（社保比例）= 12800元

此时应纳税所得额为：12800元 - 3500元 = 9300元

应纳税额：9300元 × 25% - 1005元 = 1750元

（具体金额需以实际社保比例和单位代扣情况为准）

三、专项附加扣除

若存在子女教育、赡养老人等专项附加扣除，可进一步减少应纳税所得额，从而降低税负。例如：

应纳税所得额 = 12500元 - 专项附加扣除金额

（需结合家庭实际情况申报）

总结 ：

• 无专项附加扣除时，实缴个税约2120元；

• 若扣除社保后到手工资为12800元，个税约1750元；

• 专项附加扣除可进一步减免税负。