在海南五指山，若社保基数设定为12400元，根据现行的社保缴费比例，个人每月大约需要缴纳1054元用于社保（包括养老保险、医疗保险、失业保险等），而扣除社保后的实际收入则取决于个人所得税的计算结果。

我们来了解下具体的社保缴费比例。养老保险方面，个人需缴纳的比例是8%，即992元；医疗保险个人承担的部分是2%，也就是248元；失业保险个人缴纳比例通常为0.5%，这相当于62元。将这三个部分加起来，得到的就是个人每月应缴纳的社保总额。

关于个人所得税的计算。在中国，工资薪金所得适用七级超额累进税率，起征点为5000元。假设没有其他扣除项，以12400元作为月收入基准，在扣除上述社保费用后，剩余部分再减去起征点5000元，得到应纳税所得额。然后根据相应的税率表计算出应缴税款。例如，如果扣除社保后的净收入为11346元，则应纳税所得额为6346元，按照当前税率可能适用10%的税率，并扣除速算扣除数210元来计算最终的个人所得税。

值得注意的是，除了基本的养老保险、医疗保险和失业保险外，部分地区还可能存在补充医疗保险或其他社会保险项目，这些可能会进一步影响到个人的实际扣费情况。考虑到每年各地的社会保险政策都有可能发生调整，因此具体的缴费金额也会有所变动。

在海南五指山，当社保基数为12400元时，个人每月需缴纳约1054元的社保费用。至于具体扣除多少税款，则依赖于个人所得税的相关规定及扣除标准。为了确保准确无误，建议定期关注当地社保局发布的最新政策，并结合自身实际情况进行计算。这样不仅能更好地规划个人财务，也能及时了解自己的权益与责任。