海南三沙社保基数5000和5000的区别在于：虽然数值相同，但实际缴费金额和福利待遇可能因 缴费比例、险种覆盖范围或政策调整 而存在差异，需结合当地具体社保政策分析。

1. 缴费比例差异
   社保基数5000元对应的养老、医疗等险种缴费比例可能不同。例如，养老保险个人缴费比例通常为8%（400元），但单位缴费比例可能因政策调整存在浮动（如20%或阶段性优惠），导致实际到账金额差异。

2. 险种覆盖范围
   部分单位可能仅按最低标准缴纳养老和医疗，而规范企业则覆盖五险（养老、医疗、失业、工伤、生育）。若基数相同但险种不全，个人权益将受影响，如生育津贴或工伤赔付无法享受。

3. 政策动态影响
   三沙市可能针对特殊地区（如海岛）出台差异化社保政策，如补贴、减免等。同一基数下，实际缴费可能因政策优惠而减少，但福利待遇仍按标准基数计算。

4. 公积金关联性
   社保基数5000元通常同步作为公积金缴存基数，但单位可选择5%-12%的不同比例。若公积金比例不同，即使社保基数相同，实际住房福利也会有显著差别。

海南三沙社保基数5000元需结合缴费比例、险种完整性及地方政策综合评估，建议通过官方渠道核实当前执行标准，确保权益不受损。