广西南宁社保基数9900元和5000元的区别主要体现在缴费金额、个人和单位承担的比例以及退休待遇等方面。以下是具体的分析：

缴费金额

• 养老保险：
  • 基数为9900元时，单位缴费：9900×20%=1980元，个人缴费：9900×8%=792元。
  • 基数为5000元时，单位缴费：5000×20%=1000元，个人缴费：5000×8%=400元。
• 医疗保险：
  • 基数为9900元时，单位缴费：9900×6.5%=643.5元，个人缴费：9900×2%=198元。
  • 基数为5000元时，单位缴费：5000×6.5%=325元，个人缴费：5000×2%=100元。
• 失业保险：
  • 基数为9900元时，单位缴费：9900×0.5%=49.5元，个人缴费：9900×0.5%=49.5元。
  • 基数为5000元时，单位缴费：5000×0.5%=25元，个人缴费：5000×0.5%=25元。
• 工伤保险和生育保险：
  • 基数为9900元和5000元时，单位缴费均根据行业风险等级确定，个人不缴费。

个人和单位承担的比例

• 养老保险：单位缴费比例为20%，个人缴费比例为8%。
• 医疗保险：单位缴费比例为8%（含生育保险），个人缴费比例为2%。
• 失业保险：单位缴费比例为2%，个人缴费比例为1%。
• 工伤保险：单位缴费比例为1%，个人无需缴纳。
• 生育保险：单位缴费比例为1%，个人无需缴纳。

退休待遇的影响

• 社保缴费基数对退休待遇有影响。根据多缴多得的原则，如果用人单位所申报的缴费基数低于职工实际收入的，肯定会对职工今后的退休待遇造成影响。

需要注意的是，以上信息仅供参考，具体的缴费金额和比例可能会因政策调整而有所变化。在实际操作中，建议咨询当地社保部门或人力资源部门以获取最准确的信息。