在广东珠海，社保基数为4600元的情况下，个人所得税的扣税金额主要取决于多项扣除和税率，具体计算如下：

1. 1.社保及公积金扣除：社保：根据珠海市的社保政策，社保缴费比例通常为工资的固定比例。假设社保缴费比例为10%，那么4600元的社保基数中，社保费用为4600元×10%=460元。公积金：假设公积金缴费比例为5%，则公积金费用为4600元×5%=230元。总计扣除：460元（社保）+230元（公积金）=690元。
2. 2.应纳税所得额计算：起征点：根据现行税法，个人所得税的起征点为5000元。应纳税所得额：4600元（社保基数）-690元（社保及公积金扣除）-5000元（起征点）=-1090元。结果分析：由于应纳税所得额为负数，因此无需缴纳个人所得税。
3. 3.税率及速算扣除数：税率表：个人所得税采用累进税率，税率从3%到45%不等。速算扣除数：根据不同的税率区间，适用不同的速算扣除数。在本案例中：由于应纳税所得额为负数，因此不涉及税率和速算扣除数的应用。
4. 4.其他扣除项：专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等，这些扣除项可以进一步减少应纳税所得额。在本案例中：假设没有其他专项附加扣除，因此不影响最终结果。
5. 5.最终结论：在社保基数为4600元的情况下，由于应纳税所得额为负数，个人无需缴纳个人所得税。提示：实际扣税情况可能因个人情况不同而有所变化，建议根据自身情况详细咨询当地税务部门或专业人士。

通过以上分析，可以看出在广东珠海，社保基数为4600元时，个人所得税的扣税金额为0元。这一结果适用于大多数普通工薪阶层，具体情况还需结合个人实际情况进行详细计算。