根据现有信息，湖北神农架林区社保基数为5400元时，扣除五险一金后的个税计算如下：

一、扣除项目与标准

1. 起征点 ：2025年个人所得税起征点为5000元，工资5400元已高于起征点，无需缴纳个税。

2. 五险一金个人缴纳部分 ：由于未提供具体数据，需分情况讨论：

   • 若五险一金个人缴纳部分为0元，则应纳税所得额为5400-5000=400元，适用3%税率，应纳税额为12元；

   • 若五险一金个人缴纳部分不为0元，则需用实际工资减去起征点再扣除五险一金个人缴纳部分，再计算个税。

二、计算示例

1. 五险一金个人缴纳部分为0元

   应纳税所得额 = 5400元 - 5000元 = 400元

   应纳税额 = 400元 × 3% - 0元 = 12元

2. 五险一金个人缴纳部分为200元

   假设五险一金个人缴纳部分为200元，则应纳税所得额 = 5400元 - 5000元 - 200元 = 200元

   应纳税额 = 200元 × 3% - 0元 = 6元

三、注意事项

• 实际个税金额需根据五险一金个人缴纳部分具体数值计算；

• 若单位代扣代缴时已扣除五险一金，建议向单位确认具体扣除金额后再做判断。

建议通过单位人力资源部门或当地税务部门获取准确的五险一金扣除数据，以确保计算准确性。