在山东菏泽，社保基数设定为16800元时，个人每月需缴纳的社保费用大约为1344元，这包括养老保险、医疗保险、失业保险等几项基本社会保险。 而具体的扣税金额则取决于个人所得税税率以及扣除标准，考虑到五险一金的扣除后，应纳税所得额将减少，从而影响最终的个税数额。

我们需要了解的是，在菏泽市，职工的社保缴费比例是固定的。以养老保险为例，单位承担16%，个人承担8%；医疗保险方面，单位承担6.5%，个人承担2%；失业保险单位和个人分别承担0.5%。当社保基数为16800元时，个人每月需要缴纳的养老保险为1344元（16800×8%），医疗保险为336元（16800×2%），失业保险为84元（16800×0.5%）。合计下来，个人每月需缴纳的社保费用约为1764元。

考虑到公积金的缴纳情况。如果按照最低比例5%来计算，个人还需额外缴纳840元（16800×5%）作为住房公积金的一部分。这意味着，在不考虑其他可能的补充保险或额外福利的情况下，个人每月因社保和公积金而被扣除的总金额将达到约2604元（1764+840）。

接下来，我们分析一下扣税的情况。根据现行的个人所得税法规定，起征点为5000元人民币。假设某员工月收入为20000元，扣除社保及公积金后的实际收入为17396元（20000-2604）。那么，其应纳税所得额即为12396元（17396-5000）。依据累进税率表，这部分收入适用的税率及其速算扣除数将决定最终的个税金额。

总结上述内容，对于社保基数设为16800元的员工而言，除了直接从工资中扣除的社保费用和个人部分的公积金外，还需要根据调整后的应纳税所得额来计算并缴纳个人所得税。值得注意的是，具体到每个人的实际扣税情况还会受到专项附加扣除等因素的影响，如子女教育、继续教育、大病医疗等，这些都会进一步减少应纳税所得额，从而降低实际所需缴纳的个人所得税额。准确计算个人所得税前，务必全面考虑所有可享受的税收优惠政策。