江西新余社保基数6900和5000的主要区别在于缴费金额和对应的社保待遇。6900元的基数对应更高的缴费金额，因此退休后可领取的养老金待遇也会更高。

1. 缴费金额的差异

社保缴费金额是根据缴费基数乘以缴费比例计算得出的。基数越高，缴费金额也越高。以6900元为基数，相比5000元，缴费金额会显著增加，从而为个人积累更多的社保权益。

2. 养老金待遇的差异

社保基数直接影响养老金的计算。养老金的计算公式通常包括缴费年限、缴费基数和缴费比例等因素。6900元的基数意味着在相同缴费年限下，退休后可领取的养老金高于5000元基数的情况。这是因为较高的基数能带来更高的养老金替代率。

3. 对灵活就业人员和个体工商户的影响

对于灵活就业人员和个体工商户，新余市允许选择不同的缴费档次。6900元属于较高的缴费档次，而5000元则相对较低。选择较高档次虽然短期内缴费压力更大，但长期来看，能获得更高的社保保障。

总结

江西新余社保基数6900元和5000元的区别主要体现在缴费金额和养老金待遇上。选择更高的基数意味着更高的缴费金额，但也能在退休后获得更高的养老金回报。对于个体工商户和灵活就业人员来说，可根据自身经济状况选择合适的缴费档次。