福建南平社保基数12400和5000在缴费金额上存在显著差异，主要体现在以下几个方面：
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养老保险：
- 12400基数时，单位缴纳12400×20%=2480元，个人缴纳12400×8%=992元。
- 5000基数时，单位缴纳5000×20%=1000元，个人缴纳5000×8%=400元。
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医疗保险：
- 12400基数时，单位缴纳12400×10%=1240元，个人缴纳12400×2%=248元。
- 5000基数时，单位缴纳5000×10%=500元，个人缴纳5000×2%=100元。
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失业保险：
- 12400基数时，单位缴纳12400×1%=124元，个人缴纳12400×0.5%=62元。
- 5000基数时，单位缴纳5000×1%=50元，个人缴纳5000×0.5%=25元。
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工伤保险：
- 12400基数时，单位缴纳12400×行业费率（假设为0.5%）=62元。
- 5000基数时，单位缴纳5000×行业费率（假设为0.5%）=25元。
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生育保险：
- 12400基数时，单位缴纳12400×0.8%=99.2元。
- 5000基数时，单位缴纳5000×0.8%=40元。
福建南平社保基数12400与5000的主要区别在于缴费金额的不同。社保基数越高，单位和个人需要缴纳的社保费用也越多，同时享受的社保待遇也会相应提高。但具体选择哪个基数进行缴费，还需根据个人实际情况和需求来决定。
