农合（新农合）与医保检查费的报销比例因医疗机构等级、费用类型及地区政策而异，总体范围在20%-90%之间。新农合在基层医疗机构（如村卫生室）报销比例可达60%，而住院检查费在三级医院通常为30%-60%；城镇职工医保报销比例普遍更高，住院检查费可达70%-90%。关键差异体现在门诊限额、大病保险及异地结算政策上。
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门诊检查费报销
新农合在村卫生室报销60%（处方药限额10元/次），镇卫生院报销40%（检查费限额50元/次），三级医院仅报销20%。城镇职工医保门诊报销比例更高，例如三级医院可达55%-70%，且年度限额更高（如2万元）。 -
住院检查费报销
新农合住院检查费报销比例随医院等级递减：镇卫生院60%、二级医院40%、三级医院30%-60%（部分连续参保者可达85%）。城镇职工医保住院检查费报销比例稳定在70%-90%，起付线后按比例支付，无单次限额。 -
大病保险与特殊病种
新农合对大病检查费（如CT、核磁共振）起付线以上报销60%，年封顶25万-55万；城镇职工医保大病报销比例更高，且覆盖更多高价检查项目。特殊病种（如癌症）两地均提高报销比例，但职工医保覆盖更广。 -
异地就医与结算
新农合异地检查需先备案，报销比例降低10%-20%；城镇职工医保支持直接结算，比例与本地差异较小。两地均需在定点机构检查，非定点费用不予报销。
提示：报销前需确认检查项目是否在医保目录内，并保留完整票据。新农合更适合基层就医，职工医保对高额检查费保障更优，参保者可结合自身需求选择。
