医保局查到住院病人在院期间不在医院时，通常会采取以下处理措施：

一、对医院及医护人员的处理

1. 取消医保报销资格

   若发现病人长期或连续多日不在病房且未提供合理说明，医保局可能取消该病人的医保报销资格。但仅针对违规科室或责任人，不涉及其他患者。

2. 医院内部处罚

   医院会对相关科室及医护人员进行批评教育、罚款或绩效扣分等处理。例如，某地规定连续3天查房发现病人不在，将没收科室奖金数月。

3. 追究法律责任

   若涉及虚假住院（如以他人名义住院），可能依据《社会保险法》《民法典》等法律追究医院及责任人的法律责任，包括罚款、赔偿损失等。

二、对病人的处理建议

1. 及时沟通说明

   若因检查、治疗等合理原因临时离开，需提前向医院提交书面请假条，并保留相关证据（如检查单、医嘱等），避免影响报销。

2. 配合医院管理

   住院期间应遵守医院规定，保持病房卫生，配合医护人员查房和病情监测，避免因管理问题引发纠纷。

3. 避免自行离院

   病人不得擅自离院，否则可能被认定为“擅自离院”，导致医保报销中断。若需短暂外出，应通过正规渠道申请。

三、注意事项

• 医保报销资格 ：医保查房时病人不在场不会直接导致个人医保报销资格被取消，但可能影响后续医疗费用的报销。

• 权益保护 ：若对医院或医保处理结果有异议，可通过医保局投诉、法律咨询等途径维护自身权益。

建议病人在住院期间主动与医院及医保部门保持沟通，规范自身行为，避免因管理问题影响治疗和报销。