在安徽淮南，社保基数设为16800元和5000元的主要区别在于缴费金额和个人未来享受的社保待遇存在显著差异。较高的社保基数意味着个人和单位需支付更多的社保费用，但同时也能获得更高的养老金和其他社会保障福利。

• 缴费金额不同：以养老保险为例，如果个人社保基数为16800元，按8%的个人缴纳比例计算，每月需缴纳约1344元；而基数为5000元时，则只需缴纳约400元。单位方面，按照16%的比例，分别为2688元和800元。
• 养老金积累差异：较高的社保基数会导致个人账户中的养老金积累更多，因为每月划入个人账户的资金量更大，退休后每月领取的养老金也会相应增加。
• 医疗保障水平：社保基数高者在医疗保险方面同样享有优势，不仅个人账户资金增多，而且可能享受到更好的医疗服务报销比例及更高额度的报销上限。
• 其他险种影响：失业保险、工伤保险和生育保险等险种的缴费也受社保基数的影响，尽管这些险种中部分或全部由企业承担，但基数的不同仍会影响企业的成本以及员工潜在的保障水平。

选择不同的社保基数将直接影响到个人当前的经济负担以及未来的社会保障权益。对于有能力且愿意在未来获得更高保障的人来说，选择较高的社保基数可能是更优的选择。这也需要根据个人实际情况来平衡当下的财务状况与长远利益。