根据我国医疗保障政策，单位为员工缴纳职工社保后，需要暂停缴纳新农合（新型农村合作医疗）。以下是具体说明：

一、两者不能同时参保

1. 政策规定

   根据《社会保险法》及相关政策，职工医保与新型农村合作医疗属于两种不同的医疗保障体系，参保人只能选择其中一种。两者在医疗费用报销上存在冲突，无法同时享受。

2. 法律依据

   《社会保险法》第二十六条明确规定，职工基本医疗保险与新型农村合作医疗的待遇标准由国家统一规定，个人不得同时参加。

二、具体操作建议

1. 单位缴费时

   单位为员工缴纳职工社保后，需办理新农合的停保手续，避免重复缴费。

2. 灵活处理方式

   • 保留新农合 ：若员工未来可能重新就业或返回农村，可保留新农合资格，但需注意新农合每年缴费时间节点，避免断缴。

   • 转移职工医保 ：若员工转为灵活就业人员，可申请将职工医保转入新农合（需符合当地政策），但需放弃职工医保的缴费资格。

三、注意事项

• 生育、医疗报销冲突 ：两者均含医疗保险，但报销范围和比例不同。职工医保的报销比例通常高于新农合，建议优先选择职工医保。

• 缴费年限累计 ：职工医保缴费年限与基本养老保险合并计算，中断后需重新计算；新农合缴费年限不累计。

单位为员工缴纳社保时必须暂停新农合，具体操作需结合员工未来规划，并确保符合当地医保政策。