浙江丽水社保基数为5900时，个人所得税的扣税情况如下：

1. 1.社保缴费计算：养老保险：个人缴纳比例为8%，即5900元×8%=472元。医疗保险：个人缴纳比例为2%，即5900元×2%=118元。失业保险：个人缴纳比例为0.5%，即5900元×0.5%=29.5元。住房公积金：假设缴纳比例为12%，即5900元×12%=708元。总计社保缴费：472元+118元+29.5元+708元=1327.5元。
2. 2.应纳税所得额计算：起征点：5000元。应纳税所得额：5900元（社保基数）-1327.5元（社保缴费）-5000元（起征点）=-727.5元。由于应纳税所得额为负数，因此无需缴纳个人所得税。
3. 3.具体扣税情况：在这种情况下，由于扣除社保费用后的应纳税所得额为负数，所以无需缴纳个人所得税。如果社保基数提高或社保缴费比例发生变化，可能会影响应纳税所得额，从而影响个人所得税的缴纳。
4. 4.其他影响因素：专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等专项附加扣除，可以进一步减少应纳税所得额。其他收入：如果有其他收入来源，需合并计算应纳税所得额，可能会影响个人所得税的缴纳。
5. 5.在浙江丽水，社保基数为5900元时，由于扣除社保费用后的应纳税所得额为负数，因此无需缴纳个人所得税。了解社保缴费和个人所得税的计算方法，有助于更好地规划个人财务，确保合规缴纳各项费用。建议定期关注政策变化，以便及时调整财务计划，享受应有的税收优惠。