低保户参加新型农村合作医疗（新农合）的住院报销比例根据医疗机构级别和地区政策有所不同，具体如下：

一、报销比例标准

1. 门诊报销

   • 村卫生室/中心卫生室：60%

   • 镇卫生院：40%

   • 二级医院：30%

   • 三级医院：20%

2. 住院报销

   • 基础报销比例 ：60%-80%（具体因地区而异）

   • 大病保险补充 ：部分城市（如成都）在基本医疗保险报销后，对个人自付部分超过起付线的费用，可再报销65%-80%

   • 医疗救助 ：经前两档报销后自付部分仍较重的，可申请医疗救助，比例通常为70%-90%

二、封顶线标准

• 年度累计封顶线 ：多数地区为3.5万元

• 特殊病种补偿 ：如尿毒症门诊、肿瘤门诊等，可能享受更高比例补偿（如65%-70%）

三、报销流程

1. 新农合报销

   患者持新农合证就诊，住院时需告知医院参保身份，费用由医保基金按比例支付。

2. 民政部门救助

   新农合报销后剩余自费部分，可向当地民政部门申请医疗救助，需提供医疗费用发票、新农合报销凭证等材料。

四、注意事项

• 地区差异 ：具体比例可能因地方政府政策调整，建议咨询当地医保部门；

• 特殊群体 ：60岁以上老人、儿童等特殊群体可能享受额外补贴；

• 药品/诊疗限额 ：门诊处方药费、检查费、手术费有具体限额（如10元/次、200元/年）。

以上信息综合了全国及部分地区的政策，实际报销金额需结合患者所在地的具体规定计算。