社保扣款了但医保未扣款，可能由以下原因导致，需结合具体情况分析处理：

一、政策调整因素

1. 部门职能划转影响

   自2020年1月1日起，职工医保征缴职能由社保部门划归医保部门，可能导致部分地区出现扣款职责调整延迟。若属于此类地区，建议联系医保部门确认缴费状态。

二、缴费流程与系统问题

1. 首月未同步扣款

   社保与医保通常按月分别扣款，若首次缴费月份未完成同步，则可能出现社保已扣医保未扣的情况。建议等待下月缴费周期再观察。

2. 系统操作或延迟

   缴费过程中若出现系统错误或信息同步延迟，可能导致医保部分未成功扣除。需联系单位人事部门或当地社保/医保机构核实缴费情况。

三、缴费信息异常

1. 险种选择或缴费标准差异

   若单位仅缴纳了社保中的养老保险、失业保险等部分险种，而医保因缴费标准差异未被触发，则可能出现医保未扣款。需确认单位是否漏缴了医保费用。

2. 参保状态异常

   • 新入职员工可能存在参保信息未及时备案的情况，需联系单位补充参保登记；

   • 灵活就业人员若采用第三方机构代扣，需确认代扣协议是否生效。

四、其他特殊情况

• 跨地区缴费 ：若在异地参保，需确认当地医保政策是否支持跨地区自动扣款；

• 欠费补缴 ：若上月医保欠费未缴，可能影响当月扣款，需补缴后重新计算扣款。

建议处理步骤

1. 核对缴费记录 ：查看社保和医保的缴费明细，确认是否因漏缴或系统问题导致；

2. 联系单位确认 ：与人事部门沟通，核实缴费流程及系统状态；

3. 咨询官方机构 ：若问题持续，可通过当地社保/医保官网或线下机构查询缴费状态。

若经过上述步骤仍无法解决，建议提供具体缴费凭证及异常情况说明，进一步协助排查问题。