学校代收的医保费与农村合作医疗（新农合）存在冲突，具体说明如下：

一、参保冲突

1. 社会基本保险的排他性

   学校医疗保险和农村合作医疗均属于社会基本保险范畴，根据国家规定，同一参保人不能同时参加两种。若已通过学校参保（如城镇居民医保），则无法再参加新农合。

2. 重复参保的后果

   若同时缴纳两种保险，将导致国家社保资金重复支出，影响整体医疗保障体系。系统强制要求只能保留一种有效参保状态。

二、报销冲突

1. 医疗费用报销互斥性

   若学生在同一时间段内因同一疾病或意外产生医疗费用，只能选择其中一种保险进行报销，无法同时获得两种保险的报销。

2. 地区政策差异

   • 合并地区 ：若学生所在地区已实施新农合与居民医保合并（如部分省份），则可根据当地政策选择报销，但需注意不同保险的报销范围和比例。

   • 未合并地区 ：通常只能选择学校医保或新农合，无法同时享受两种报销。

三、实际建议

1. 优先选择学校医保

   学校医保的报销比例通常高于新农合或城乡医保（如城镇居民医保），且属于国家政策倾斜的医疗保障，建议优先选择。

2. 避免重复参保

   若已通过其他渠道（如家庭）参保，需主动向学校或社保机构说明情况，避免因不知情而重复缴费。

3. 特殊情况处理

   • 若已参加商业医疗保险，需确认其是否覆盖学生身份，避免与社保重复。

   • 家庭成员参保时，应仔细阅读保险条款，避免因政策差异导致重复参保。

总结

学校代收的医保费与农村合作医疗存在参保和报销上的冲突，需根据国家政策选择其中一种。建议优先选择学校医保以获取更高报销比例，并主动避免重复参保。