内蒙古锡林郭勒盟社保基数16400元的扣税情况如下：

1. 1.社保缴费比例及金额：养老保险：个人缴费比例为8%，即16400元×8%=1312元。医疗保险：个人缴费比例为2%，即16400元×2%=328元。失业保险：个人缴费比例为0.5%，即16400元×0.5%=82元。工伤保险：个人不缴费。生育保险：个人不缴费。住房公积金：假设缴费比例为12%，即16400元×12%=1968元（具体比例视单位政策而定）。
2. 2.应纳税所得额计算：起征点：5000元。社保及公积金扣除：1312元（养老）+328元（医疗）+82元（失业）+1968元（公积金）=3690元。应纳税所得额：16400元-5000元-3690元=7710元。
3. 3.个人所得税计算：税率及速算扣除数：根据中国个人所得税税率表，7710元适用的税率为10%，速算扣除数为252元。应缴个人所得税：7710元×10%-252元=519元。
4. 4.总扣税金额：社保及公积金总扣除：1312元+328元+82元+1968元=3690元。个人所得税：519元。总扣税金额：3690元+519元=4209元。
5. 5.实际到手工资：实际到手工资：16400元-4209元=12191元。

总结来说，内蒙古锡林郭勒盟社保基数16400元的扣税情况包括社保及公积金总扣除3690元和个人所得税519元，总扣税金额为4209元，实际到手工资为12191元。了解这些扣税细节，有助于更好地规划个人财务，确保合理避税和合法合规。