关于社保只扣医保未扣养老保险的问题，可能由以下原因导致，需结合具体情况分析：

一、单位缴费责任未履行

1. 用人单位未按时缴纳

   若单位未在每月15-25日缴纳养老保险费用，社保系统将无法完成扣款。根据《社会保险法》第六十三条，用人单位逾期未缴或补足社保费的，社保机构会责令其限期缴纳。

2. 单位账户余额不足

   若单位社保账户资金不足，可能优先扣除医疗费用等刚性支出，导致养老保险无法扣款。

二、缴费类型与账户管理差异

1. 灵活就业人员参保类型

   若为灵活就业人员，养老保险和医疗保险可能由不同部门或机构分别扣款（如社保部门扣养老，医保部门扣医保）。需确认是否属于此类情况。

2. 新参保或系统未同步

   新参保人员首次缴费时，系统可能存在数据同步延迟，导致某月仅扣除已缴项目。

三、其他可能原因

• 银行账户问题 ：绑定的银行卡余额不足或账户状态异常，可能影响扣款。

• 地区政策差异 ：部分地区社保缴费时间或渠道存在差异，需咨询当地社保部门。

建议处理步骤

1. 联系单位核查

   立即与用人单位沟通，确认是否因缴费延迟或账户问题导致扣款失败。

2. 查询缴费记录

   通过社保部门官网或线下窗口，查询当月缴费明细，确认欠费或系统异常。

3. 补缴或调整账户

   若单位欠费，需督促其补缴；若账户余额不足，可申请临时垫付或调整缴费方式。

若问题持续存在，建议拨打当地社保热线（如12333）或向劳动监察部门投诉，维护自身权益。