内蒙古巴彦淖尔社保基数20600和5000的主要区别在于缴费金额、养老金待遇以及医疗报销额度等方面。

1. 缴费金额：社保基数高，个人缴纳的社保费用就多。当社保基数为20600时，个人需要缴纳的费用会相对较多；而社保基数为5000时，个人缴纳的费用则会少很多。例如，养老保险个人缴纳比例为8%，若社保基数是20600，每月需缴纳20600×8% = 1648元；若社保基数是5000，则每月只需缴纳5000×8% = 400元。
2. 养老金待遇：养老金的计算与缴费基数密切相关。缴费基数越高，退休后领取的养老金通常也越多。因为养老金由基础养老金和个人账户养老金组成，基础养老金与缴费基数有关，个人账户养老金则是根据个人缴费累计额计算。以20600为基数缴费的人，未来领取的养老金会比以5000为基数缴费的人高。
3. 医疗报销额度：部分医保报销政策与缴费基数挂钩。社保基数高，可能享受更高的医疗报销上限或更好的报销比例。比如在一些地区，连续缴费达到一定年限且缴费基数较高的参保人，在大病报销方面能获得更高额度的报销。

内蒙古巴彦淖尔社保基数20600和5000存在显著差异，这些差异会影响到个人的社保权益和福利水平。在选择社保缴费基数时，应综合考虑自身经济状况和未来保障需求等因素。