根据2024年最新个人所得税法及相关信息，内蒙古巴彦淖尔市社保基数为12500元时，扣除五险一金后的个税计算如下：

一、扣除标准与应纳税所得额

1. 起征点 ：每月5000元；

2. 五险一金扣除比例 ：通常为16%（具体比例可能因单位政策略有差异）；

3. 应纳税所得额 = 税前工资 - 五险一金 - 起征点。

计算示例 ：

• 税前工资：12500元

• 五险一金扣除：12500元 × 16% = 2000元

• 应纳税所得额：12500元 - 2000元 - 5000元 = 5500元

二、适用税率与速算扣除数

根据应纳税所得额5500元，对照2024年税率表：

• 适用税率 ：3%

• 速算扣除数 ：0元

应纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

= 5500元 × 3% - 0元 = 165元

三、税后工资计算

税后工资 = 税前工资 - 应纳个人所得税

= 12500元 - 165元 = 12335元

四、注意事项

1. 地区差异 ：内蒙古不同城市可能存在社保基数调整，建议咨询当地社保部门确认具体比例；

2. 专项扣除 ：若存在子女教育、住房贷款等专项扣除，可进一步减少应纳税所得额；

3. 年度汇算 ：个税计算以全年综合所得为依据，建议每年4月进行汇算清缴。

以上计算基于2024年统一标准及简化假设，实际到手金额可能因具体扣除项而略有差异。