农村合作医疗报销程序及流程主要包括就医结算、材料准备、申请受理和费用兑付四个关键环节，支持直接刷卡、窗口报销和特殊病种专项处理等多种方式，覆盖门诊、住院及异地就医等场景。

1. 就医结算
   在定点医疗机构就诊时，参保人出示医保卡即可直接结算报销部分费用，自付部分由患者承担。区内乡镇级门诊和市内住院通常支持实时刷卡报销，简化流程。异地就医需提前备案，否则报销比例可能降低。

2. 材料准备
   门诊报销需提供医保卡和发票；住院报销需准备住院费用清单、诊断证明、出院小结等。特殊病种（如糖尿病、恶性肿瘤）需额外提交病历、检查报告及审批表。意外伤害住院还需提供村（居）盖章的原因证明。

3. 申请受理与审核
   材料齐全后，向县级或乡镇定点医疗机构窗口提交申请。工作人员核算费用并填写补偿表，初审后由复核人员确认。市外就医需在出院后3个月内到行政服务中心窗口办理，30个工作日内完成审核。

4. 费用兑付
   审核通过后，报销金额由定点医疗机构窗口直接支付，需本人或代理人签字确认。特殊病种和年度累积门诊费用按住院标准统一结算，年底集中补偿。

农村合作医疗报销流程设计兼顾便捷与规范，参保人需注意材料完整性和时效性，异地就医提前备案可最大化报销权益。