关于新农合补缴后本金的处理方式，综合相关信息整理如下：

一、补缴后生效时间

1. 次年1月1日起生效

   补缴完成后，新农合待遇通常从下一年的1月1日开始生效，补缴当年的医疗费用将不予报销。

2. 特殊情况说明

   • 若补缴时间在当年9月至12月期间，次年1月1日生效；

   • 若补缴时间超过当年年底，需等到次年1月1日才能享受待遇。

二、补缴后本金退还规则

1. 正常缴费年限内死亡

   • 若参保人未达到退休年龄（通常为60岁）去世，个人缴纳的本金及利息可退还给继承人；

   • 若超过70岁去世，个人缴纳部分将不再退还。

2. 无继承人处理

   若无继承人，个人账户剩余金额可由村委会作为丧葬费使用。

三、注意事项

1. 断缴处理

   • 缴纳滞纳金后补缴可恢复待遇，滞纳金金额由当地机构确定；

   • 长期断缴可能影响待遇，建议按时缴费。

2. 缴费时间

   • 建议每年9月至12月前完成缴费，避免因逾期产生滞纳金或影响次年待遇。

四、其他说明

• 养老金账户继承 ：个人账户储存额（含本金和利息）可继承，但医保待遇不可直接继承；

• 地区政策差异 ：具体细则可能因地区政策不同存在差异，建议咨询当地医保部门确认。

若需进一步了解当地具体操作流程或法律咨询，可联系当地医保机构或专业律师。