根据相关法律法规和搜索结果，医保断缴三个月内补缴的费用处理方式如下：

一、个人账户处理

1. 补缴后个人账户资金处理

   若在医保断缴3个月内补缴，补缴费用 全部进入统筹账户 ， 不划拨个人账户 。

2. 补缴后个人账户余额使用

   补缴后次月开始可正常使用医保报销待遇，但 个人账户原有余额仍可继续使用 （如门诊费用）。

二、医保待遇影响

1. 报销待遇恢复时间

   • 断缴3个月内补缴 ：次月开始恢复医保报销。

   • 断缴超过3个月 ：需补缴满6个月且缴费年限连续，次月才能恢复报销。

2. 累计缴费年限计算

   • 断缴3个月内补缴 ：连续缴费年限 不中断 ，但 重新计算缴费年限 。

   • 断缴超过3个月 ：补缴后连续缴费年限 重新计算 ，退休时累计缴费年限不足规定年限需补缴。

三、特殊情况说明

• 补缴方式 ：可通过单位补缴或个人缴费（部分地区允许）。

• 补缴限制 ：单位补缴一般不超过2年，个人补缴无年限限制。

• 历史费用处理 ：断缴期间发生的医疗费用，若在补缴后3-6个月内完成补缴，可申请手动报销。

总结

医保断缴3个月内补缴费用不会清零个人账户，但需注意补缴后次月才能恢复报销待遇，且连续缴费年限重新计算。建议尽快补缴以减少医疗费用自费风险。