新疆最厉害的中医院排名因各医院在医疗技术、专家团队、科室设置及患者口碑等方面的不同而有所差异。以下是几所备受认可的新疆中医院：

1. 新疆中医医院：作为新疆地区中医医疗的龙头机构，该院拥有一流的医疗设备和资深的中医专家团队，尤其在中医内科、针灸科、骨伤科等传统优势领域表现突出。

2. 乌鲁木齐市中医医院：该院是乌鲁木齐市重要的中医医疗机构，以其在中医妇科、皮肤科、肿瘤科等专科的卓越疗效而闻名。医院还设有中医特色治疗中心，提供多样化的中医诊疗服务。

3. 哈密市中医医院：作为哈密地区最大的中医医院，该院在中医康复、疼痛治疗、心脑血管疾病等领域有独到之处，并积极推动中医适宜技术的普及与应用。

4. 吐鲁番市高昌区中医医院：该院是吐鲁番地区重要的中医医疗中心，尤其在中医儿科、肛肠科、糖尿病科等专科建设方面取得显著成绩，为当地居民提供优质的中医医疗服务。

5. 伊犁哈萨克自治州中医医院：作为伊犁地区中医医疗的排头兵，该院在中医肺病科、肾病科、风湿病科等专科领域具备较强实力，为当地各族患者提供专业的中医诊疗服务。

这些中医院在新疆地区乃至全国都享有较高的声誉，为患者提供全面、优质的中医医疗服务。选择时可根据自身需求和医院特色进行综合考虑。