异地三甲医院就诊后，新农合的报销流程和注意事项如下：

1. 办理转诊备案

• 患者需携带身份证、两张一寸彩色照片和新农合医疗证，前往县级合管办办理转诊备案手续。
• 如果是外出务工人员，可在务工地就医后，补办转诊备案手续，但就诊单位必须是新农合定点医疗机构。

2. 提交报销所需材料

• 报销时需提供以下材料：
  1. 身份证（或户口本）原件及复印件。
  2. 新农合医疗证。
  3. 病历复印件、出院小结。
  4. 住院结算单（或发票）和住院费用清单。
  5. 转诊备案手续。

3. 报销比例和注意事项

• 报销比例：异地三甲医院的新农合报销比例一般为65%左右，具体以当地政策为准。
• 起付线：省级定点医院起付线为700元，未办理转诊手续的报销比例可能降低至45%。
• 急诊情况：若因急症异地就医，可凭急诊证明直接报销，比例不降低。

4. 报销流程

• 患者出院后，将上述材料提交至参保地县级合管办。
• 合管办工作人员将审核材料并核算补偿金额，报销金额将直接返还至患者账户。

5. 特别提示

• 确保就诊医院为新农合定点医疗机构，否则费用不予报销。
• 未按规定办理转诊手续的，报销比例会大幅降低，请务必提前办理。
• 报销材料需齐全，避免因材料不足导致延误。

通过以上流程，您可以顺利完成异地三甲医院就诊后的新农合报销。如需进一步了解，请咨询当地医保部门或合管办。