新农合二次报销的办理部门及流程如下：

一、办理部门

1. 当地社保中心或新农合大厅

   二次报销需在参保地社保中心或新农合大厅办理，具体地址可通过当地医保部门官网或电话查询。

2. 分阶段办理流程

   • 住院阶段 ：在定点医疗机构直接参与报账，需提供新农合补偿结算单、身份证、参合证、医疗费用发票等材料。

   • 出院后 ：携带诊断证明、出院小结、费用清单等材料到社保中心或新农合大厅审核报销。

二、所需材料

1. 基础材料

   • 二代身份证原件及复印件；

   • 新农合参合证（卡）原件；

   • 医疗机构费用发票或加盖公章的复印件；

   • 费用清单、出院小结等住院相关材料。

2. 特殊病种材料

   • 门诊特殊病种需额外提供特殊病种合作医疗证历本；

   • 慢性病患者需提供慢性病诊断证明。

三、注意事项

1. 报销比例与封顶线

   • 二次报销比例通常为50%-70%，具体比例因地区而异；

   • 部分地区可能设有封顶线，超过部分需自费。

2. 办理时效

   • 报销需在医疗费用发生后一定期限内提出，通常为1年。

3. 地区差异

   • 具体材料要求可能因城市政策不同存在差异，建议提前咨询当地社保中心。

四、办理流程示例

1. 住院时 ：医院直接按新农合政策报销；

2. 出院后 ：整理所有材料至村（社区）合作医疗联络员处审核；

3. 提交材料 ：将审核通过的资料提交至镇级或县级新农合办公室；

4. 审核通过后 ：领取补偿款。

建议办理前通过当地医保部门官网或电话确认最新政策，以确保材料准备齐全。