合作医疗保险和医保（即基本医保）在多个方面存在显著差异，具体区别如下：

一、覆盖范围与参保对象

1. 医保

   • 覆盖城镇职工（职工医保）和城乡居民（居民医保），具有强制参保性质，由用人单位和职工共同缴费。

   • 城镇职工医保覆盖企业职工及灵活就业人员，城乡居民医保覆盖农村居民及城市非从业人员。

2. 合作医疗

   • 传统指新型农村合作医疗保险（新农合），仅覆盖农村居民，现已与城乡居民医保合并为“城乡居民医保”。

   • 部分地区已实行城镇居民医保与新型农村合作医疗保险的统一政策，但两者在管理、待遇上仍存在差异。

二、缴费方式与资金来源

1. 医保

   • 城镇职工医保由用人单位和职工按比例缴费，个人缴费部分计入个人账户。

   • 城乡居民医保则由个人缴费、集体扶持和政府补贴共同组成。

2. 合作医疗

   • 早期由农民自愿缴费，后随城乡居民医保合并后，缴费标准统一但由个人承担主要部分。

三、保障待遇与报销机制

1. 医保

   • 提供住院医疗费用报销，部分地区扩展至门诊和药品费用。

   • 报销比例较高，且与当地平均工资挂钩。

2. 合作医疗

   • 以大病统筹为主，报销比例低于医保，且存在年度最高支付限额。

   • 部分地区已提高报销比例，但仍低于职工医保。

四、管理体制与统筹层次

1. 医保

   • 属于社会保障体系，由政府主导，实行全国统筹或区域统筹。

2. 合作医疗

   • 早期由卫生局管理，后随医保合并后纳入社保体系，但统筹层次较低，存在地域限制。

五、其他差异

• 门诊保障 ：医保包含门诊门诊包干，合作医疗主要报销住院费用。

• 异地就医 ：医保支持异地就医直接结算，合作医疗通常需回参保地报销。

总结 ：医保和合作医疗（现城乡居民医保）在覆盖范围、缴费方式、保障待遇等方面存在本质差异。前者是强制性的社会保障制度，后者（现统称城乡居民医保）多为自愿参加的补充性医疗保障。两者合并后，城乡居民的医疗保障体系更加完善，但参保人员需注意医保与商业医疗保险的区分。