根据现有政策，农村医保在深圳住院的报销流程及注意事项如下：

一、异地就医备案要求

1. 备案办理

   需通过国家医保服务平台APP办理异地转诊备案手续，提供患者身份证、新农合医疗证及转诊备案表。

2. 备案有效期

   备案通常为1年，长期异地居住人员需定期更新备案信息。

二、报销流程

1. 住院期间

   • 持身份证、新农合医疗证在深圳定点医院就医，医院会直接减免符合医保目录的费用，并开具住院发票。

   • 部分医院支持医保卡直接抵扣。

2. 出院结算

   • 出院时持结算发票、费用清单、诊断证明等材料到医保窗口办理出院手续。

   • 若选择“即时结报”服务，系统将自动扣除可报销部分，个人仅需支付自费金额。

三、报销比例与起付线

• 起付线标准 ：

  • 一级医院：400元

  • 二级医院：800元

  • 三级医院：1600元

• 报销比例 ：

  • 一级医院：90%

  • 二级医院：85%

  • 三级医院：80%

• 报销限额 ：

  • 每年累计报销金额有最高限额（具体以当年政策为准）。

四、所需材料

• 住院期间 ：身份证、新农合医疗证、住院病历、费用清单。

• 出院结算 ：结算发票、出院小结、诊断证明、身份证/户口簿。

• 异地就医 ：额外需提供工作证明。

五、注意事项

1. 异地门诊报销 ：

   • 村卫生室及镇卫生院门诊可凭医疗证直接结算，但年度累计补偿不超过5000元。

   • 县级及以上医院需单独申请检查项目审批，单次限额200元。

2. 费用预缴 ：

   • 部分医院支持押金抵扣，出院时结算差额。

3. 违规处理 ：

   • 若未办理备案或材料不全，可能影响报销比例或导致自费金额增加。

六、特殊情况处理

• 急诊患者 ：可先治疗后再补手续，但需在24小时内完成医保登记。

• 银行结算 ：部分县市农保中心设有专门窗口直接支付赔款，避免现金垫付。

建议办理异地就医前通过国家医保服务平台APP确认最新备案流程及政策，确保材料齐全。若需进一步了解具体操作，可拨打当地医保热线咨询。