低保户拥有20万元存款是否会被没收，需根据具体情况判断，主要分为以下情形：

一、存款性质与来源

1. 合法存款

   若存款为合法所得（如工资、经营收入等），银行不会冻结或没收。低保资格取消的唯一依据是家庭人均收入或财产状况超出保障标准。

2. 非法或来源不明的存款

   若存款涉及贪污、诈骗等违法行为，或来源无法证明，相关机构可依法冻结账户并追缴，但此情形与低保资格无直接关联。

二、低保资格取消的条件

1. 收入超标

   低保资格主要依据家庭人均收入是否低于当地最低生活保障标准。若存款属于家庭财产且超过当地6个月低保标准（如河南省为4260元/人/月），则可能被取消资格。

2. 存在欺骗行为

   若在低保申请中故意隐瞒财产状况（如虚假申报收入、财产等），经查实后可要求退还已领取的低保金，并可能面临行政处罚或法律责任。

三、法律与程序

• 民政部门调查权

  民政部门无权直接查询个人银行账户。若发现存款异常，通常通过财产调查、走访核实等方式间接调查。

• 处罚与救济

  仅当确认存在骗领行为时，才会启动行政处罚（如罚款）或刑事追究（如诈骗罪），但不会没收存款。

四、总结

• 存款本身不导致没收 ：低保资格取消与财产是否超过标准相关，而非单纯因存款金额。

• 风险提示 ：若存在财产隐瞒或骗领行为，可能面临资格取消、费用返还等后果。

建议低保户主动配合相关部门调查，如实申报财产，避免因信息不对称引发不必要的风险。