农村合作医疗与职工医保的用药差异主要体现在‌目录范围、报销比例及自费药政策‌。‌职工医保覆盖药品更广，包含更多慢性病及高价特效药，报销比例普遍高于农村合作医疗；农村合作医疗侧重基础用药，自费药比例较高‌，具体差异需结合政策调整与地区实际执行情况。

‌1. 药品目录范围差异‌
职工医保执行国家统一的基本医疗保险药品目录，涵盖甲类（全额报销）、乙类（部分自付）药品约3000种，覆盖抗肿瘤药、罕见病药等高价药。农村合作医疗以省级目录为主，药品数量较少，侧重常见病、多发病的基础用药，部分高价药或进口药可能未被纳入。

‌2. 报销比例与自费药政策‌
职工医保门诊与住院用药报销比例通常在50%-90%，乙类药自付比例约10%-30%。农村合作医疗报销比例约50%-70%，部分地区对乡镇卫生院用药报销可达80%，但县级及以上医院报销比例下降，且自费药需患者全额承担。例如，同一种降压药，职工医保可能报销70%，农村合作医疗仅报销50%。

‌3. 特殊用药申请流程‌
职工医保对目录外高价药可通过“双通道”（医院+药店）或特殊审批获取，部分地区支持门诊慢特病备案后长期报销。农村合作医疗需通过转诊至上级医院开具证明，且审批流程较长，部分特效药可能受限于区域医疗资源不足而无法使用。

‌4. 政策更新与区域差异‌
职工医保目录每年动态调整，新上市抗癌药、创新药纳入速度较快。农村合作医疗目录更新周期较长，且各省增补药品差异显著。例如，部分经济发达省份已将部分靶向药纳入农村合作医疗报销，但中西部省份可能尚未覆盖。

选择医保类型时，需综合疾病风险与经济能力评估用药需求。长期用药或需高价药治疗的群体更适合职工医保；农村合作医疗可作为基础保障，必要时可补充商业医疗保险覆盖自费药缺口。建议定期查询当地医保局发布的药品目录更新，及时了解政策变动。