城乡居民医保和合作医疗（新农合）的主要区别如下：
- 覆盖对象 ：
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城乡居民医保 ：涵盖了所有没有参加职工基本医疗保险的城乡居民，包括农村居民和城镇居民。
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新农合 ：主要针对具有农村户籍的居民，包括农村居民、农村集体经济组织成员、农村企业职工、农村个体工商户、农民专业合作社成员等。
- 管理部门 ：
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城乡居民医保 ：主要由人力资源和社会保障部门负责管理和运作。
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新农合 ：在多数地方由卫生部门进行管理。
- 保障待遇与报销比例 ：
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城乡居民医保 ：保障待遇包括住院、门诊大病和普通门诊，报销比例和封顶线相对较高，且在三甲医院的报销比例一般较高，如可达到50%左右，甚至通过逐级转院的方式，报销比例可达到70%左右。
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新农合 ：保障待遇也包括住院、门诊大病和特定疾病，但报销比例相对较低，在三甲医院的报销比例可能只有30%左右，但在门诊待遇方面可能具有相对较高的水平。
- 筹资方式 ：
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城乡居民医保 ：筹资由政府和参保居民共同缴纳，政府补贴和个人缴费相结合。
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新农合 ：筹资主要来源于政府补贴和个人缴费，政府补贴主要来自中央和地方政府的财政拨款，个人缴费则由参保农民按年度缴纳。
- 制度整合 ：
- 城乡居民医保 ：2016年，新农合和城镇居民医保整合为一个统一的制度，即城乡居民基本医疗保险，目的是实现城乡居民医疗保障的均等化，消除制度上的差别，提高保障水平，促进社会公平和社会稳定。
城乡居民医保和新农合在覆盖对象、管理部门、保障待遇与报销比例、筹资方式以及制度整合等方面存在明显区别。城乡居民医保是一个更为统一和全面的制度，涵盖了所有城乡居民，而新农合则主要针对农村居民。两者在保障待遇和报销比例上也有所不同，但都在一定程度上为参保居民提供了基本的医疗保障和经济补偿。
