住院期间医保费用扣除方式需根据具体情况区分，具体说明如下：
一、费用结算时间
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医保报销与自费部分分开结算
住院期间产生的各项费用（如检查、治疗、药品等）会先由医院按原价收取，出院时统一结算。医保报销部分由医保机构与医院直接结算，个人只需支付自费部分。
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不存在“当天扣除”情况
医保费用不会在住院当天直接扣除。所有费用需在出院时完成结算，医保报销金额会从总费用中扣除，剩余自费部分由患者支付。
二、报销比例与方式
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直接结算比例
符合医保目录的费用，医保基金按约定比例直接支付，个人无需垫付。例如：
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三级医院门诊：个人自付25%，医保支付75%；
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社区医院门诊（在职人员）：个人自付14%，医保支付86%；
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退休人员：个人自付8%，医保支付92%。
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自费额度与分段报销
医保设有起付线、封顶线等限制，超过起付线的部分按比例报销。例如：
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起付线以下费用需个人全额承担；
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超过起付线后，按80%-92%的比例报销（具体比例因地区和医院级别不同）。
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三、其他注意事项
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日间手术费用
四川等地已试点将日间手术费用按住院待遇结算，包括术前门诊费用，出院时统一结算。
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医保卡使用限制
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住院期间医保卡仅用于出院结算，门诊费用需通过其他方式支付；
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部分地区医保卡支持出院时直接刷卡结算自费部分，但需符合当地政策。
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总结
住院费用医保不会在当天扣除，所有费用需出院时统一结算。报销比例根据医院级别、费用类型及地区政策有所不同，建议患者提前了解当地医保政策，避免自费过高。
