巨输尿管症彻底根除的方法主要是手术治疗，具体方式需根据患者病情和医生建议来确定。以下是一些常见的治疗方法：

1. 腹腔镜下输尿管切开术：通过小切口在体表进入腹腔，在直视下切除狭窄部位以恢复输尿管通畅性。此手术主要用于解决由巨输尿管症引起的梗阻问题。

2. 经皮肾镜取石术：将一根细而柔软的内窥镜插入肾脏，找到结石后使用工具将其取出。对于存在较大结石且上述方法无效时可考虑使用。

3. 抗感染药物治疗：可以预防继发性感染，常用抗生素包括头孢菌素类、喹诺酮类等。适用于有感染风险或已发生感染者。需监测药物敏感性及副作用。

4. 中药调理：通过改善体内气血流通，缓解因气滞血瘀所致的排尿困难等症状。适用于病情较轻或术后辅助治疗。需个体化配方，并注意可能出现的过敏反应。

5. 输尿管裁剪或折叠后抗反流性输尿管膀胱再吻合术：如果患者的肾功能尚好，可以考虑进行这种手术。该手术可以有效地改善患者的输尿管蠕动功能，同时防止尿液反流。

6. 肾输尿管切除术：如果患者的肾功能已经丧失，而对侧肾功能良好，则可以考虑进行这种手术。这种手术可以去除病变的输尿管，以去除病因。

总的来说，巨输尿管症的治疗需要综合考虑患者的具体情况和医生的建议。患者应定期复查，监测疾病的进展和治疗效果，如有不适症状应及时就医。保持良好的生活习惯，如适量运动和均衡饮食，有助于促进健康。