医保报销比例确实是在扣除门槛费之后计算的。具体说明如下：
一、报销比例计算基础
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门槛费
医保报销有起付线（门槛费）限制，只有超过该费用的部分才能纳入医保报销范围。例如，某地医保政策规定，门诊起付线为500元，住院起付线为1000元，超过这些金额后才能按比例报销。
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自费部分扣除
除门槛费外，还需扣除乙类药品、特殊检查等自费项目，剩余部分才能享受医保报销。
二、不同医保类型的报销比例
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职工医保
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住院费用 ：一级医院90%以上，二级80%-85%，三级80%-85%；
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门诊费用 ：社区医院80%-90%，二级及以上医院40%-60%；
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特殊病种 ：如重大疾病，报销比例可达70%。
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居民医保
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住院费用 ：一级医院50%-70%，二级及以上医院40%-60%；
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门诊费用 ：基层医疗机构50%-70%，二级及以上医院40%-60%。
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三、地区政策差异
不同城市、医院级别及医保类型存在差异。例如：
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异地就医 ：辽宁本溪职工医保未转诊门槛费1500元，报销比例70%；
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沈阳市职工医保 ：门诊统筹年最高支付限额15万元，急诊抢救符合条件报销70%。
四、其他注意事项
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封顶线 ：医保年度最高支付限额为15万元，超出部分需自费；
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乙类药品/特殊项目 ：按70%比例报销。
建议参保人员就医前咨询当地医保部门，确认具体报销比例及流程，避免遗漏自费项目。
