新生儿申请农村合作医疗的流程可分为以下步骤：

一、办理入户手续

1. 户籍登记

   新生儿需在出生后及时办理户籍登记，取得当地户籍是参加农村合作医疗的资格前提。

二、参保登记与缴费

2. 准备材料

   需携带以下材料：

   • 新生儿出生证明

   • 父母双方身份证、户口簿原件及复印件

   • 新生儿2寸免冠白底照片（需与证件照片一致）。

3. 提交申请

   将材料提交至户籍所在地农村合作医疗管理机构（如社保局或医保服务点）。

4. 审核与缴费

   • 工作人员审核材料真实性

   • 完成参保费用缴纳（费用标准因地区而异）。

三、领取就医凭证

5. 制卡与激活

   • 审核通过后，制卡过程通常需半个月；

   • 收到《社会保障卡》和《就医记录册》。

6. 激活社保卡

   按照短信提示激活社保卡，确保正常使用。

四、其他注意事项

• 转诊与报销 ：若需在外地就医，需提前办理转诊手续，费用先自费，回乡后凭相关资料报销；

• 报销流程 ：住院报销需提供住院病历、费用清单等材料，门诊报销需提供门诊发票。

五、政策依据

新型农村合作医疗的办理依据为《中华人民共和国社会保险法》第二十四条和第二十六条，确保参保后即可享受医疗保障待遇。

提示 ：不同地区具体流程可能略有差异，建议提前咨询当地医保部门确认。