合作医疗与新农合既有联系又有区别，具体分析如下：

一、制度性质与覆盖范围

1. 合作医疗包含新农合

   合作医疗是广义的医疗保障制度，包含新农合（新型农村合作医疗）和城镇居民医疗保险。新农合主要覆盖农村人口，城镇居民医疗保险覆盖非农业户口但未参加职工医保的城镇居民。

2. 参保人群不同

   • 新农合：仅限农村户口人群参保，以家庭为单位整户参保。

   • 城乡居民医保（整合后的合作医疗）：覆盖农村和城镇非从业居民，不再区分户口类型。

二、资金来源与保障标准

1. 资金来源差异

   • 新农合：以个人缴费、集体扶持和政府资助为主，政府补贴占比较大。

   • 城乡居民医保：同样采用三方筹资机制，但职工医保部分由单位缴费，个人缴费比例更低。

2. 保障范围与报销比例

   • 新农合：以大病统筹为主，保障范围较窄，报销比例较低。

   • 城乡居民医保：报销比例逐渐提高，覆盖门诊、住院等更多医疗费用，且与职工医保趋同。

三、其他关键区别

1. 制度整合

   新农合已与城镇居民医保合并为城乡居民医保，统称合作医疗，但两者在政策、待遇上仍存在差异。

2. 待遇稳定性

   城乡居民医保具有终身保障性，缴费满一定年限后无需再缴费即可享受待遇；新农合（原制度）通常为一年一缴，中途断缴可能影响待遇。

3. 门诊保障差异

   城乡居民医保的门诊报销比例和起付线低于职工医保，但高于新农合。

总结

合作医疗包含新农合，但两者在覆盖范围、资金来源、保障标准等方面存在显著差异。随着政策整合，新型农村合作医疗已逐步纳入城乡居民医保体系，但两者在待遇上仍存在差异。