根据我国现行法律规定和社保政策，企业为员工缴纳的医疗保险与农村合作医疗（新农合）存在以下关系：

一、两者性质与参保规则

1. 性质冲突

   城镇职工基本医疗保险（即企业缴纳的医疗保险）与新型农村合作医疗（新农合）均属于社会医疗保险，但参保对象和缴费标准不同。职工医保是强制性的社会统筹保险，而新农合属于自愿参加的补充型医疗保险。

2. 参保条件冲突

   职工医保的参保对象为城镇职工，而新农合主要覆盖农村居民。由于职工医保以就业为参保条件，已参加职工医保的人员无法再参加新农合。

二、具体影响

1. 重复参保无效

   若企业为员工缴纳了职工医保，员工个人或家庭无需再缴纳新农合。两者在医疗费用报销上存在重叠，重复参保属于违规行为，可能导致医疗费用无法报销。

2. 待遇享受限制

   即使未主动注销新农合，职工医保的优先级更高。当发生医疗费用时，职工医保会优先报销，新农合的报销将不再适用。

三、特殊情况说明

• 灵活就业人员 ：若未参加职工医保（如自由职业者、非全日制员工），可根据自身情况选择参加职工医保或新农合，但需注意两者不可同时享受。

• 断缴处理 ：职工医保断缴后，若重新参保，需等待职工医保缴费满6个月后才能享受待遇；新农合断缴后补缴，次年可继续享受。

四、建议

• 咨询确认 ：若对参保状态有疑问，建议向当地社保部门咨询，避免因政策调整影响权益。

• 政策依据 ：相关法律依据为《中华人民共和国社会保险法》第二十三条，明确职工应当参加职工基本医疗保险，禁止重复参保。

企业为员工缴纳医疗保险后，员工无需再缴纳新农合，且两者不可同时享受。