根据相关社保政策，单位社保停缴后是否可以继续缴纳新农合，需根据具体情况判断，具体说明如下：

一、单位社保停缴与新农合的关联性

1. 两者独立性

   职工社保（如职工医保）与新农合是两个独立的社保体系，互不影响。单位停止缴纳职工社保后，个人仍可自主选择是否参加新农合。

2. 缴费标准与待遇差异

   • 职工医保由单位和个人共同缴费，报销比例较高；

   • 新农合为自愿参保的农村医疗保障制度，缴费标准较低，报销比例也相对较低。

二、具体操作与注意事项

1. 转新农合流程

   • 需停止职工社保缴费，携带原单位缴费凭证、身份证、户口本等材料，到户籍所在地乡镇社保所办理参保登记。

   • 转新农合属于“高转低”政策，即当月缴纳次月享受待遇，每年缴费一次，终身有效。

2. 断缴影响

   • 若中断职工社保超过12个月，可能影响职工医保待遇（如退休后无法享受职工医保）。但新农合无缴费年限限制，断缴后仍可随时参保。

3. 特殊情况处理

   • 离职人员 ：辞职后若单位停止缴费，可自主选择继续缴纳新农合或职工社保，需办理缴费转移或个人参保手续。

   • 未就业人员 ：未就业但户籍在农村的人员，可直接申请新农合，无需先缴纳职工社保。

三、建议

• 优先职工医保 ：若经济条件允许，建议优先恢复职工社保以获得更高报销比例；

• 灵活选择 ：若无法恢复职工社保，可结合自身需求选择新农合或个人参保；

• 咨询确认 ：具体办理流程及费用标准需咨询当地社保部门，避免遗漏材料或跑空。

单位社保停缴后不影响新农合的参保资格，但需根据自身情况选择合适的医疗保障方式。