2025年安徽亳州治疗呼吸困难的医院中，亳州市人民医院、亳州市中医院和蒙城县第一人民医院是较为优秀的选择。以下是对这些医院的具体介绍：

1. 亳州市人民医院：该医院拥有呼吸与危重症医学科（原肺科），其中老年呼吸内科是卫健委国家临床重点专科建设项目、安徽省教育厅重点学科，安徽省呼吸病学主任委员所在地，多次参编卫生部规划教材《临床疾病概论》呼吸内科和《柳叶刀呼吸学杂志中文版》《国际呼吸杂志》。医院整体实力强劲，科室设置齐全，医疗设备先进，能够为呼吸困难患者提供全面的检查和治疗服务。

2. 亳州市中医院：作为一家三级甲等中医医院，亳州市中医院在中医治疗呼吸系统疾病方面有着独特的优势和丰富的经验。医院注重中西医结合治疗，能够根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。医院还拥有一批经验丰富的中医专家和先进的医疗设备，为患者提供优质的医疗服务。

3. 蒙城县第一人民医院：该医院设有75个科室，其中临床医技科室45个，并有全县唯一的“120”急救指挥调度中心，24小时免费接诊病人。医院在呼吸系统疾病的诊断和治疗方面也有着较高的水平，能够为呼吸困难患者提供及时、有效的救治。

总的来说，以上三家医院都是亳州市内治疗呼吸困难的优秀医院，患者可以根据自己的实际情况和需求选择合适的医院就诊。