农村合作医疗使用医保卡的报销流程如下：

1. 门诊医疗费用报销 ：

• 在定点医疗机构（如乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心等）就诊时，参保人可使用医保卡或身份证进行挂号和结算。系统会自动计算报销金额，参保人只需支付个人自付部分。

• 门诊统筹报销：许多地区实行门诊统筹制度，设定一定的报销比例和年度报销限额。例如，有的地区门诊统筹报销比例为50%，年度报销限额为几百元不等。

2. 住院医疗费用报销 ：

• 办理住院手续时，参保人需出示医保卡或身份证、农村合作医疗证等相关证件。医院会核实参保人的身份信息和医保参保情况。

• 缴纳住院押金：根据医院要求，参保人通常需要缴纳一定数额的住院押金。出院结算时，医院会根据实际医疗费用和报销情况多退少补。

• 在住院治疗过程中，医院会按照医保规定的诊疗项目和药品目录为参保人提供医疗服务。使用医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施，可享受医保报销。

• 出院结算时，参保人需到医院的出院结算窗口办理结算手续。医院会出具住院费用清单和结算单，系统会自动计算农村合作医疗可报销的金额。报销比例根据医院的等级和费用分段有所不同。

3. 异地就医报销 ：

• 如果需要在异地就医，参保人需先进行异地就医备案。备案方式包括线上（通过当地医保部门的官方网站、手机APP等渠道）和线下（到参保地的医保经办机构办理）。

• 备案成功后，在异地定点医疗机构就医的费用，可按规定进行报销。报销时需提供住院发票、费用清单、诊断证明、病历等材料，可在就医地的医保经办机构办理报销，也可将材料带回参保地报销。

4. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业务管理中心提出申请，经过审核批准后，其门诊医药费用可以列入到新农合的报销范围内。

5. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害住院的，出院后需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录。对于一些无法提供有效证明和记录的，不予进行受理。参保患者将资料提交后，新农合窗口受理后的30个工作日内完成审核，情况属实后予以报销。

建议：

• 参保人在使用医保卡报销时，应确保携带齐全相关证件和材料，以便顺利办理报销手续。

• 对于异地就医的参保人，建议提前了解并办理异地就医备案，以确保报销流程的顺利进行。

• 特殊病种门诊的报销需要提前申请并经过审核，参保人应提前了解相关流程和所需材料。