急性肠系膜上静脉血栓形成的治疗难度因患者的具体情况而异，总体来说，早期诊断并及时治疗，有可能取得较好的疗效，但如果发现较晚，出现严重并发症，则治疗难度大，预后较差。具体如下：

• 早期发现并治疗：如果在疾病早期，血栓形成时间短，尚未造成严重的静脉狭窄、闭塞，也未出现肠道缺血、坏死等并发症时，及时治疗通常效果较好。通过抗凝治疗，使用肝素、华法林等药物，可以预防血栓进一步形成和蔓延。发病时间少于 1 周的同时给予溶栓治疗，可采用尿激酶等药物静脉滴注，有可能使血栓溶解，恢复静脉通畅。部分患者还可通过介入治疗，如血管内溶栓、血栓切除术等，快速恢复静脉血流，改善病情。
• 晚期发现并治疗：若血栓形成时间较长，导致肠系膜上静脉严重狭窄或闭塞，或者已经引发了肠道缺血、坏死、穿孔，以及出现了腹膜炎、代谢性酸中毒、败血症、休克、多器官衰竭等并发症，治疗难度会显著增加。此时往往需要进行手术治疗，切除坏死的肠管，并且在肠系膜上静脉或门静脉做切口取栓。但即使进行了手术，由于病情严重，术后也可能出现多种并发症，死亡率较高，病死率可达 20％ - 50％。而且，静脉血栓形成后易复发，有时须行多次手术治疗。

一些患者存在原发性疾病，如血小板增多症、恶性肿瘤、糖尿病等，也会增加治疗的复杂性和难度，影响预后。