申请无犯罪证明被驳回可能由以下原因导致，需结合具体情况分析：

一、信息不完整或不准确

1. 身份信息错误 ：若提供的身份证号、户籍信息或居住证等材料与公安机关记录不符，可能导致申请被拒。

2. 填写不规范 ：申请表填写错误、遗漏必填项或格式不符合要求，可能引发审核不通过。

二、存在犯罪记录

1. 未处理完的刑事案件 ：若涉及未结案件或处于侦查、起诉阶段，公安机关无法提供无犯罪证明。

2. 明确定罪记录 ：因故意犯罪或过失犯罪被判处五年有期徒刑以上刑罚，相关记录将无法消除。

三、申请条件不满足

1. 地域限制 ：需在户籍所在地或居住证登记地的公安机关申请，异地申请可能被驳回。

2. 材料不全 ：缺少公安机关要求的核心证明材料，如居住证明、单位推荐信等。

四、其他特殊情况

• 年龄因素 ：犯罪时未满18周岁且判处五年以下刑罚的记录可能被封存，但需经司法机关特别规定程序查询。

• 系统或流程问题 ：部分地区因系统故障或办理流程不规范导致申请失败，可咨询当地公安机关核实。

建议处理方式

1. 核对信息 ：仔细检查身份信息和证明材料，确保与公安机关记录一致。

2. 补充材料 ：根据驳回原因补充完整所需材料，如居住证明、无犯罪记录核查申请表等。

3. 咨询核实 ：通过当地公安机关或律师了解具体驳回原因，必要时寻求专业法律帮助。

若多次申请被拒且无法自行解决，建议联系户籍地或居住地公安机关的法制部门，或委托律师核查案件状态。