广州芳村区被撤销的主要原因涉及城市规划、管理效率及行政区划优化等多方面因素，具体分析如下：

一、行政区划调整的直接原因

1. 2005年广州市第三次行政区划调整

   1949年芳村区曾与崇文区合并成立，后因城市发展需要，于2005年4月28日国务院批准撤销芳村区，设立南沙区、萝岗区。这一调整是广州市优化城市结构、提升管理效率的重要举措。

二、核心原因分析

1. 城市管理效率低下

   老城区东山、芳村面积差异悬殊（最大1000平方公里，最小不足10平方公里），导致区界管理混乱，出现“插花地”“飞地”现象，影响社会治安、户籍管理、流动人口服务等工作。

2. 资源分散与产业雷同

   东山区、芳村区老城区发展空间狭小，产业布局雷同且效益低下，难以适应现代城市发展需求。

3. 促进城市现代化

   通过合并老城区，广州市政府旨在降低行政管理成本，提高资源整合效率，推动城市规划科学化、精细化。

三、历史背景补充

• 1954年行政区划调整 ：曾将芳村区划入河南区（今海珠区）和新滘区，但1970年代后随着城市发展又重新调整。

• 2005年调整的延续性 ：与1949年的合并类似，2005年的调整也是广州市持续优化行政区划的体现。

芳村区被撤销是广州市城市发展过程中，为解决老城区管理困境、提升城市竞争力而进行的系统性规划调整。