关于贷款自动扣款余额不足时只扣了一部分的情况，具体处理方式如下：

一、是否算作逾期？

1. 自动扣款规则

   贷款机构通常在还款日当天进行多次扣款，直至扣满应还款项。若首次扣款失败（如余额不足），系统会在次日补扣。仅扣部分款项本身不直接导致逾期，但需关注最终是否全额还清。

2. 逾期的判定标准

   • 若最终未全额还款且超过还款日，则视为逾期；

   • 若在还款日当天补足剩余款项，则不视为逾期。

二、应对措施

1. 及时补足还款

   • 若在系统补扣前手动还款，可避免逾期；

   • 若错过补扣时间，需尽快联系贷款机构补缴。

2. 联系贷款机构

   • 建议通过官方渠道咨询扣款规则，避免因操作失误导致重复扣款或逾期；

   • 部分机构允许主动还款，可直接转账至指定账户。

3. 避免类似问题

   • 确保还款日前足额存入资金，避免因账户余额不足影响扣款；

   • 设置自动还款提醒，防止因疏忽导致逾期。

三、注意事项

• 征信影响 ：仅首次扣款失败且未及时补缴可能影响征信；

• 风险防范 ：避免将贷款资金用于其他用途，防止被认定为以贷还贷。

贷款自动扣款余额不足只扣部分款项是否逾期，需结合最终还款情况判断。建议保持账户资金充足，并及时与贷款机构沟通，避免因小失大。